陈宜中倒是听了乐全安的劝告，急急逃跑了。只不过他并没有护送皇帝赵㬎和谢太后等赵氏皇室一起逃亡，甚至没有通知朝中亲信，而是心腹的护送下，偷偷从陆上小路往福州府方向逃去。他嫌幼儿妇人拖累速度，又怕人太多引得元军追击。在临安海路被切断之前，朝廷分别封了赵昰、赵昺两王判福州和泉州，由派了陆秀夫前往福建路辅助两王。除此之外，广南东路和广南西路并无元军出现，当地暑热的气侯也不利于来自北方苦寒地带的元军，十分适合躲避。
陈宜中一跑，其亲信也有样学样纷纷逃遁，朝中为之一空。“春江水暖鸭先知”，按照欧阳轩的说法：“你可以怀疑达官贵人的人品，却不能怀疑他们的智商”。临安不少商贾富豪甚至高官和皇室成员早在元军渡江之前，便将大部分财产转移到福州或流求、济州的霹雳军银行之中。他们眼见陈宜中逃跑，知道危局再无可能挽回，纷纷拖家带口开始逃亡。谢太后也想逃跑，但孤儿寡母行动艰难。此时宫中已乱成一团，逃亡路上又拥堵不堪，元军先锋已赶来纵马砍杀，如何能逃得出去。
正在这时，伯颜派人送来劝降书，声称如若保证临安城池完整，可保赵氏皇室性命无忧，并代忽必烈承诺不施牵羊之礼。此时的赵氏皇室，求和不成，反击无力，欲守无望，欲逃不能，唯剩下投降一条路了。谢太后与未逃的朝中诸臣一番商议后，终派出使者出城，向伯颜奉上传国玉玺及降表。扬州屠城之后，伯颜收到了夏大根的严厉警告。慑于霹雳军的威胁，加之怕纵兵劫掠激起宋民的反抗，故他严令禁止乘乱杀掠。忽必烈灭宋是为了一统天下，元军将领是为了青史留名，可蒙元士卒可是为了财富女人，眼睁睁看着繁华的临安城不能抢劫，如何甘心？伯颜弹压不住躁动的士卒，只得皇宫府库和城中富户财产拿来分给属下，才堪堪稳定了局势。
控制临安之后，伯颜遣散了城中的守军。此时城中守军约四万人，除守卫皇室的侍卫军外，还有文天祥招募的二万余勤王军和陈宜中所招的部分“武定军”。这些宋军有的被分置到元军各部，大多数让其各归其乡。伯颜又命谢太后起草诏书，晓谕两浙、福建、江东江西、湖南、两广、两淮尚在抵抗的宋军，要求他们投降。诏书还送到了播州等羁縻地区甚至是霹雳军，声称蒙元代宋成为正朔乃是天命所归，劝谕州郡归附大元成为藩属。
宋军早在元军的攻势之下成了惊弓之鸟，加上伯颜在常州等地实行残酷屠城，让不少州县官员心中胆寒。元军一到，又见了诏书，便纷纷借坡下驴投降了。也有文天祥等官员死忠宋廷，要么组织义军拼死抵抗，要么逃往福建路。此时逃到福州的陈宜中和陆秀夫又拥立赵昰为皇帝。听闻临安陷落谢太后及皇帝被俘，也有不少宋军将领和州县官员与霹雳军联系，他们知道福建政权不会长久，更不甘心做蒙元鞑子的顺民。在他们看来，虽然霹雳军的理念与程宋理学䢛异，政权中又有大量的夷蕃等异族官员，算不得纯正中原政权，但毕竟以汉人为主导，终归要比蒙元亲近。