面对皇帝的调查，林羽坦然面对，将自己为大唐所做的一切和忠心毫无保留地陈述。苏瑶也在朝堂外积极活动，联合那些支持林羽的正义之士，为林羽发声。
经过一番波折，皇帝终于看清了事实，还了林羽清白。但经此一遭，林羽意识到朝堂的复杂和危险，萌生了退意。
然而，还没等他有所行动，又一桩棘手的事情发生了。一场罕见的疫病在大唐境内蔓延开来，百姓们苦不堪言。
林羽无法坐视不管，他再次挺身而出，组织医官研究抗疫之法。在这个过程中，他发现疫病的源头竟是来自于一些不法商人贩卖的变质药材。
林羽大怒，下令严查这些商人，同时加强对药材市场的监管。经过艰苦的努力，疫病终于得到了控制。
此时的林羽身心俱疲，他决定辞官归隐。皇帝再三挽留，但林羽去意已决。
离开朝堂后，林羽和苏瑶过上了平淡而幸福的生活。他们在乡间开办了学堂，教书育人，将自己的知识和理念传递给下一代。