虽然担心霹雳军舰队，但元军高层仍认为自己在海上有一战之力，并自认为在内水航道上已方颇有胜算。虽然霹雳军火器厉害，但已方战船数量可是其数十倍，况且小型船只在内水河道更加灵活。忽必烈万万没有想到的是，霹雳军仅通过澉浦、焦山和江陵三次水战，便将自己十几万人的水师打残，成千上万的战船要么成了顺水漂流的浮木，要么被俘获。更要命的是，霹雳军的舰队还彻底控制了长江航道，将数十万大军阻隔在大江以南，让伯颜再无率军回援的可能。
如果说霹雳军兵出关中在意料之中，控制长江航道让蒙元政权震惊的话，那么从海上进攻大都城这种颠覆性战法，则完全出乎其想像。不要说祖辈生活在草原的蒙古人无法想象，即便蒙元政权之中的汉人和色目人，都没有想到海权的作用如此之大。自古以来的中原战事中，水军只是步军的附属，可能发挥关键作用，但从来不是主角。对忽必烈精神意志进行最沉重一击的，则是霹雳军展现出来的庞大规模和深不可测的战力。在陇右、关中和河东河内三个战场上，霹雳军投入的军力已达十五万，另有民夫二十余万人。在此情况下，霹雳军竟然还能在长江航道和直沽两个战场同时投入重兵集团。粗略算来，其投入的海陆总兵力加上民夫近百万人。如此规模军事行地，其粮草弹药消耗，实在是个可怖的数字，忽必烈自忖即便宋元两方合力也难以支撑。
眼下摆在忽必烈面前的选择是坚守大都还是撤退。自霹雳军登陆以来，蒙元政权将周边数百里州县的兵卒民壮抽调一空，让大都城有了十万步卒守城，城外还有二万蒙古精骑，同时又下令山东、两淮的元军骑兵回援。眼下塔出、博罗欢、阿术等人正率麾下骑兵急速回援，安童和四王子那木罕率所部精骑也正往回赶。不少蒙元高官认为，回援的骑兵加上大都城骑兵人数高达十一万，绝对能打退霹雳军的进攻，甚至能战而胜之。老将兀良合台却有不同的看法，他认为霹雳军火器锐利不可挡，不如避其锋芒，先退回草原上再作打算。
作为蒙古第一名将速不台之子，兀良合台也如其父一样骁勇和足智多谋。此前他与真金太子一起率军前去河东，虽未阻止霹雳军夺取解州和太原府，却也表现出色。霹雳军在直沽寨登陆后，忽必烈将之召回大都主持战局。在河东与霹雳军的一系列战斗中，兀良合台绝望地发现，元军正面对阵霹雳军已经毫无胜算——不管是野战还是守城战。在他看来，即便能一时挡住自海登陆的霹雳军，也无法应对几路霹雳军的围攻。在他看来，对付霹雳军最好的办法还是要利用骑兵的机动优势，以空间换时间——就是撤退，将霹雳军拖疲拖垮，再战而胜之。
兀良合台的意见引得众多汉臣和世侯的不满，纷纷向忽必烈写下血书，要求与大都城共存亡。蒙古骑兵当然从容可以退到草原上，但他们的房舍田产怎么办？难道要全部舍弃，到苦寒的漠北去喝西北风？色目权臣阿合马也声称，财税全依赖中原汉地，如果失掉汉地意味着丧失九成以上的税收，这对蒙元政权来说将是毁灭性的灾难。北方汉地是蒙元政权的基础，忽必烈正是凭借汉军世侯的支持和雄厚的财力才得以打败阿里不哥，才得以压制住海都的挑战，才得以维持庞大的军力和皇室奢糜的开销，这些意见他不能不重视。