最先定下的是东线兵马，因从宁波发船，便以熟悉海况的浙兵为主力，再辅以善战的闽兵与粤兵充实其间。
南线兵马的议定稍为周折。南线虽也是跨海作战，但作战核心在于登陆后的陆战攻坚。此时东南沿海精锐已多调往东线，不宜再过度抽调，以免本埠防务空虚。几经权衡，明廷最后决定抽调神机营、辽东铁骑、广西狼兵与湖广永保土兵，再联合闽粤水兵，组成一支合兵六万的南征大军。
兵马既明，统帅随之而定。因涉及两广协调，两广总督黎宪顺理成章地任命为南线统帅。紧接着，肩负督造战舰重任且海防经验丰富的福建总兵张廷相，便被委以总督东南沿海诸务之职。
至此，便只剩下挥师东渡、直抵日本九州的水师统帅了。
于明廷而言，此统帅必须要识水战，可选之人实在寥寥。论资历与能力，最佳人选本应是张廷相，其次便是浙江总兵吴信中。张廷相已被委以东南沿海总督重任，人选自然落到了吴信中头上。
然而，当朝廷的意向文书发至浙江，吴信中的回复却出人意料。他并未欣然受命，反而郑重举荐了另一个人——最初提出此征讨方略的锦衣卫北镇抚使，裴泠。
吴信中在奏疏中直言，裴泠虽无统帅水师的履历，但其洞悉海防，以及水战韬略远在自己之上。
这一举荐让朝廷陷入新的踌躇，在此前，廷议从未将裴泠纳入考量范围。朝廷虽知她在延绥的战绩，但统领水师跨海远征，则是另一回事。且东线实乃全局压力最大也最难打的一路，此路大军本身亦面临着双线作战，既要正面迎击日本本土可能的反击，又须分兵阻截回援九州的萨摩藩。此线胜负，关乎全局，朝廷因此配置了整整十万兵力。如今放眼朝野，有统率如此庞大兵团经验的将领多在北方九边，可北地将帅不通水性，不习海战，所以可想而知，择定这个人选对朝廷来说有多艰难。
经内阁连续两日的激烈争论，并多方探查，明廷做出了最后的决定：任命锦衣卫北镇抚使裴泠为东征水师统帅，浙江总兵吴信中为副帅，挥师东渡，剑指九州。
当然，这个决议仍需隆安帝亲自拍板。
短短时日，一下从贬职转为升职，朱慎思有点难以接受。但备战迫在眉睫，他又必须尽快做出决断。
邓迁亦是惊愕不已，他实在想不到这破格超擢的决定是由那帮大老爷们做出的。
“她有这个能力吗？”朱慎思怀疑，“怎么去东南沿海巡视了一圈，所有人都说她行？不会是嘴皮子功夫磨的吧？”
邓迁俯身，声音里也满是困惑：“陛下，奴婢亦是百思不得其解，吴总兵便罢了，后面连张总兵和黎总督也一同附议举荐了她，这……”
朱慎思紧锁眉头，再次无意识地抬手，指节抵住上唇，来回抚着。
良久，他叹了一口气，将她那封奏本拿出来看，然后看了又看，末了又长叹一口气，终是提起朱笔，悬腕片刻，于内阁呈来的票拟上，落下一个铁画银钩的朱红大字：
准。
隆安帝御批既下，统帅人选至此尘埃落定。紧接着，明廷开始进行一系列大规模的人事与兵力调动。
通政使司内，通政使郭元的大印盖得啪啪作响。
【奉天承运皇帝，制曰：
朕受天明命，君主华夷，四海之内，莫非王土。迩者，岛夷日本，窃据琉球，胁其君长，囚其吏民。琉球素效恭顺，为我属国，有寇岂宜坐视。蠢兹小丑，辄敢横行，是命王朝天师，大张挞伐，灭此凶逆，复我藩邦。
兹授方略，节制如下：
东路征倭大军，特命锦衣卫北镇抚使裴泠为水师督帅，授王命旗牌，总制军务。浙江总兵吴信中任副帅，参赞戎机。调浙江精锐六万，闽粤水军四万，合十万之众，集于宁波府，整饬舟师，待风汛之利，扬帆东指，直捣日本九州。务要犁庭扫闾，挫其枭锐。
南路援琉大军，特命两广总督黎宪为督帅，调神机营一万五，辽东铁骑二万，广西狼兵一万，湖广永保兵五千，闽粤水兵一万，合六万之师，集于福州府，越海驰援琉球，速解其围，歼灭盘踞之倭。